Bei ICS-Komponenten lässt sich neben dem Anwendungsprogramm auch das Betriebssystem (Firmware) verändern. Dadurch kann manipulierte Software in das System gelangen. Die internen Speicher könnten durch ein kompromittiertes Programmiergerät, über eine lokale Datenschnittstelle (z. B. USB) oder über eine andere bestehende Netzverbindung von Angreifenden verändert werden. Ebenso könnte ein Software-Update auf dem Weg vom herstellenden Unternehmen zum Betreibenden manipuliert worden sein. Schließlich könnte eine ICS-Komponente mit bereits kompromittierter Firmware beim Betreibenden eintreffen, etwa bei manipulierter Lieferkette (englisch supply chain) oder einem Einkauf aus unsicheren Quellen. Angreifende erhalten dadurch die Möglichkeit, Prozesse und Abläufe zu verändern bzw. zu verfälschen.