Wird die Fernwartung nicht sorgfältig geplant, aufgebaut und geregelt, kann die Sicherheit aller IT-Systeme einer Institution beeinträchtigt werden. Werden beispielsweise unsichere Kommunikationsprotokolle, Verschlüsselungsalgorithmen oder Authentisierungsmechanismen eingesetzt, können Sicherheitslücken entstehen. Über unzureichend gesicherte Fernwartungsschnittstellen kann auch ein gekoppeltes Netz eines Dritten kompromittiert werden.