Nicht alle Anwendungen lassen sich auf beliebigen Terminalservern bereitstellen. Werden beispielsweise notwendige Funktionen der Graphics Processing Unit (GPU) in der emulierten Grafikeinheit nicht unterstützt, können 3D-Anwendungen über einen Terminalserver nicht oder nur eingeschränkt genutzt werden. Ähnliches gilt, wenn Eingaben von anwendungs- oder branchenspezifischen Peripheriegeräten vom Terminalserver, der Terminal-Client-Software oder dem Terminalserver-Protokoll nicht unterstützt werden.

Werden einzelne Anwendungsfunktionen oder die Anbindung von Peripheriegeräten vor der Beschaffung nicht oder nur unzureichend getestet, werden diese Einschränkungen möglicherweise erst im laufenden Betrieb festgestellt. Dadurch kann die Verfügbarkeit der Anwendung erheblich eingeschränkt sein und der Terminalserver kann möglicherweise nicht wie vorgesehen eingesetzt werden. Gegebenenfalls muss er sogar komplett ersetzt werden.