Da eine E-Mail-Infrastruktur sehr komplex sein kann, können durch die vielen möglichen Einstellungen und durch die sich gegenseitig beeinflussenden Parameter zahlreiche Sicherheitsprobleme entstehen.

Beispielsweise kann ein E-Mail-Server durch eine fehlerhafte Konfiguration legitime E-Mails von anderen Servern ablehnen. Zusätzlich wäre es möglich, dass essenzielle Einstellungen ignoriert oder missachtet werden, z. B. die Transportverschlüsselung von E-Mails.

Außerdem kann eine falsche Konfiguration in E-Mail-Clients dazu führen, dass diese Schadcode in E-Mails ausführen. Diese Sicherheitslücken können zu einem signifikanten Verlust der Verfügbarkeit, Integrität und Vertraulichkeit von Informationen führen.

Viele Institutionen setzen keine Sicherheitsmechanismen ein, die es anderen E-Mail-Servern ermöglichen, zu überprüfen, ob eine E-Mail tatsächlich von der angegebenen Absendeadresse stammt. Außerdem kann ein falsch eingestellter E-Mail-Server dazu missbraucht werden, um Spam-E-Mails zu versenden.