Die ausgewählten Apps wirken sich stark auf die damit verarbeiteten Informationen, auf das mobile Endgerät sowie häufig auf die IT-Infrastruktur der Institution aus. Wird dies bei der Auswahl der Apps nicht berücksichtigt, können weitreichende Probleme entstehen. Besonders hoch ist die Gefahr, wenn es sich dabei um Apps handelt, die nicht eigens für die abzubildenden Geschäftsprozesse entwickelt wurden. So könnten beispielsweise die für den Betrieb einer App erforderlichen Voraussetzungen nicht ausreichend betrachtet werden. Möglicherweise ist dann z. B. die mobile Netzanbindung nicht leistungsfähig genug oder die Hardware nicht kompatibel. Apps können auch dann ungeeignet sein, wenn sie keine ausreichende langfristige Einsatzstabilität und -planung bieten oder von den herstellenden Institutionen nicht ausreichend gepflegt werden.