E-Mail-Anwendungen können ohne entsprechend dokumentierte Regelungen und ein definiertes Sicherheitsverfahren in der Institution nicht sicher genutzt werden. Falls in der Planung der E-Mail-Systeme die prozessualen, organisatorischen und technischen Regelungen vernachlässigt werden, könnte dies interne sowie externe Angriffe zur Folge haben.

Beispielsweise kann ein zu klein dimensionierter E-Mail-Server durch eine große Zahl von eingehenden E-Mails ausfallen. Werden keine ausreichenden Sicherheitsmaßnahmen geplant, ist es auch möglich, dass die E-Mail-Clients anfälliger für E-Mails sind, die Schadsoftware enthalten.