Die Sicherheit von Verzeichnisdiensten stützt sich stark auf die Sicherheit des Basisbetriebssystems und dabei vor allem auf die Dateisystemsicherheit. Verzeichnisdienste lassen sich auf vielen Betriebssystemen installieren und betreiben, wodurch sich eine große Vielfalt der vorzunehmenden Sicherheitseinstellungen ergeben kann. Diese Vielfalt erhöht die Anforderungen an die Planung und setzt entsprechende Kenntnisse über das jeweilige Betriebssystem voraus. Sollte die entstehende Gesamtlösung sehr heterogen oder komplex sein, kann ein nicht ausreichend geplanter Einsatz des Verzeichnisdienstes im Wirkbetrieb zu Sicherheitslücken führen.