Die Manipulation des Anwendungsprogramms auf dem Logiksystem, bei der die Integrität eines SIS verletzt werden kann, stellt das größte Risiko dar. Anders als bei „einfachen“ OT-Komponenten, kann dies potenziell schwerste Auswirkungen auf die Sicherheit von Menschen, Umwelt und technischen Anlagen haben. Im Arbeitsblatt NA 163 des internationalen Verbands der Anwender von Automatisierungstechnik der Prozessindustrie NAMUR sind diesbezüglich folgende drei Kategorien zur Risikobeurteilung definiert:

Im Dezember 2017 wurde erstmals über eine Schadsoftware berichtet, die gezielt SIS manipuliert hat. Der Weg des Angriffs führte über die Engineering Station, auf der sich die spezielle Software für die Programmierung und Parametrierung befand. Die dort installierte Malware suchte von dort aus gezielt nach verbundenen Logiksystemen eines bestimmten herstellenden Unternehmens und lud darauf ausführbaren Code, der das Anwendungsprogramm (die Logik) manipulierte. Aufgrund eines Fehlers in diesem Code schlug die Gültigkeitsüberprüfung fehl. Daraufhin löste die Sicherheitsfunktion aus und fuhr die angegriffene Anlage in einen sicheren Zustand herunter. Der Angriff war zwar nicht erfolgreich, hätte aber sowohl aufgrund seiner Auswirkung als auch seiner Komplexität der Kategorie 2 oder 3 zugeordnet werden können.