Exchange-Systeme werden in der Praxis häufiger migriert als neu installiert. Um auf eine neue Version des Exchange Servers zu migrieren, muss in einigen Fällen das Betriebssystem auf eine neuere Version aktualisiert werden. Neue Versionen der Betriebssysteme stellen ihrerseits oft Anforderungen an das bestehende Domänenkonzept und die existierenden Verzeichnisdienste.

Wenn die Migration nicht sorgfältig geplant und durchgeführt wird, kann die interne Kommunikation über Exchange in der Institution massiv gestört werden, was in der Folge die Produktivität verringern könnte. Während der Migration können Probleme bei der Konfiguration auftreten, indem sich z. B. die Konfigurationseinstellungen für die unterschiedlichen Versionen oder die Möglichkeiten zur Anbindung an Verzeichnisdienste geändert haben. Des Weiteren können fehlerhafte Protokolleinstellungen zu Unregelmäßigkeiten bei der Informationsübermittlung, Authentisierung und Verschlüsselung führen.