Exchange-Systeme sind eng mit dem Betriebssystem Windows verzahnt und arbeiten durch sogenannte Konnektoren (auch Connectors genannt) mit Fremdsystemen zusammen. Mithilfe der Konnektoren ist es anderen E-Mail-Systemen möglich, über bestimmte Protokolle (z. B. POP3) E-Mails von Exchange-Servern abzurufen.

Wenn bei der Installation oder einer Migration von Exchange die Konnektoren nicht mit berücksichtigt werden, können die vorhandenen Konnektoren inkompatibel zu der migrierten Exchange-Version sein. Hierdurch können E-Mails verloren gehen oder ungewollt verändert werden.

Außerhalb des homogenen Microsoft-Umfelds sind Sicherheitseinstellungen, die sich auf das Exchange-System beziehen, ungültig.

Wenn verschiedene Teilsysteme separat administriert werden, können stets Inkonsistenzen auftreten. Unsachgemäß angebundene Fremdsysteme können zudem zur Folge haben, dass Daten verloren gehen oder das Exchange-System blockiert wird.