3. Komissio voi lautakuntaa kuultuaan hyväksyä muita yhteentoimivuuspuitteita (erikoistuneet yhteentoimivuuspuitteet), joissa keskitytään tiettyjen alojen tai hallintotasojen tarpeisiin. Erikoistuneiden yhteentoimivuuspuitteiden on perustuttava eurooppalaisiin yhteentoimivuusperiaatteisiin. Lautakunnan on arvioitava erikoistuneet yhteentoimivuuspuitteet sen suhteen, ovatko ne linjassa eurooppalaisten yhteentoimivuusperiaatteiden kanssa. Komissio julkaisee erikoistuneet yhteentoimivuuspuitteet Yhteentoimiva Eurooppa -portaalissa.