4. Kunkin rahanpesun selvittelykeskuksen on oltava toiminnallisesti itsenäinen ja riippumaton, mikä merkitsee sitä, että sillä on oltava toimivalta ja valmiudet suorittaa tehtävänsä vapaasti, mukaan lukien kyky tehdä itsenäisiä päätöksiä yksittäisten tietojen analysoinnista, pyytämisestä ja 3 kohdan mukaisesta jakamisesta. Siihen ei saa kohdistua epäasiallista poliittista taikka hallituksen tai teollisuuden taholta tulevaa painostusta tai häirintää.
Jos rahanpesun selvittelykeskus sijoittuu toisen viranomaisen organisaatioon, sen ydintehtävät ovat itsenäisiä ja toiminnallisesti erillisiä vastaanottavan viranomaisen muista tehtävistä.