Les États membres modifient la liste des valeurs seuils appliquées sur leurs territoires lorsque de nouvelles informations sur les polluants, groupes de polluants ou indicateurs de pollution, eu égard également au principe de précaution, indiquent qu’une valeur seuil doit être fixée pour une nouvelle substance, qu’une valeur seuil déjà établie doit être modifiée ou qu’une valeur seuil précédemment supprimée de la liste doit être rétablie. Si des valeurs seuils pertinentes sont fixées ou modifiées au niveau de l’Union, les États membres adaptent la liste des valeurs seuils appliquées sur leurs territoires à ces valeurs.
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Les valeurs seuils peuvent être supprimées de la liste lorsque la masse d'eau souterraine concernée n'est plus considérée comme étant à risque du fait des polluants, groupes de polluants ou indicateurs de pollution correspondants.
Toute modification de ce type apportée à la liste des valeurs seuils est signalée dans le cadre du réexamen périodique des plans de gestion de district hydrographique.