Агенцията има управителен съвет, съставен от по един представител от всяка държава-членка и двама представители на Комисията. В допълнение може да има по един представител от всяка друга държава, която участва в агенцията, в съответствие с приложимите разпоредби.
Освен това Европейският парламент определя за членове на управителния съвет двама учени със специална квалификация в областта на опазването на околната среда, които се избират с оглед на личния принос, който могат да имат за работата на агенцията.
Всеки член на управителния съвет може да бъде представляван от заместник-член.