Το διοικητικό συμβούλιο του Οργανισμού αποτελείται από έναν αντιπρόσωπο κάθε κράτους μέλους και από δύο αντιπροσώπους της Επιτροπής. Επιπλέον, μπορεί να περιλαμβάνει έναν αντιπρόσωπο από κάθε άλλη χώρα που συμμετέχει στον Οργανισμό, σύμφωνα με τις σχετικές διατάξεις.
Επιπλέον, το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο διορίζει, ως μέλη του διοικητικού συμβουλίου, δύο επιστήμονες με ιδιαίτερα προσόντα στον τομέα της προστασίας του περιβάλλοντος, οι οποίοι επιλέγονται βάσει της προσωπικής συμβολής που μπορούν να παράσχουν στο έργο του Οργανισμού.
Κάθε μέλος του διοικητικού συμβουλίου μπορεί να αντικαθίσταται από αναπληρωματικό μέλος.