Agenturets bestyrelse består af en repræsentant for hver medlemsstat og to repræsentanter for Kommissionen. Desuden kan der være en repræsentant for ethvert andet land, der deltager i agenturet, i overensstemmelse med de relevante bestemmelser.
Desuden udpeger Europa-Parlamentet to videnskabsmænd med særlige kvalifikationer inden for miljøbeskyttelsesområdet til medlemmer af bestyrelsen; de pågældende vælges på grundlag af det personlige bidrag til agenturets arbejde, de forventes at kunne give.
Hvert medlem af bestyrelsen kan lade sig repræsentere af en stedfortræder.