Агенцията се ръководи от изпълнителен директор, назначен от управителния съвет по предложение на Комисията за срок от пет години, който може да бъде подновен.
Изпълнителният директор е законният представител на агенцията.
Изпълнителният директор отговаря за:
а)
правилната подготовка и правилното изпълнение на решенията и програмите, приети от управителния съвет;
б)
текущото управление на агенцията;
в)
изпълнението на задачите, определени в членове 12 и 13;
г)
подготовката и публикуването на докладите, посочени в член 2, буква з);
д)
изпълнението на задачите, посочени в член 8, параграфи 4 и 5, по отношение на всички въпроси, свързани с персонала.
Той получава становището на научния комитет, посочен в член 10, във връзка с назначаването на научния персонал на агенцията.