Agenturet ledes af en administrerende direktør, som på Kommissionens forslag udnævnes af bestyrelsen for en femårig periode, der kan forlænges.
Den administrerende direktør er agenturets repræsentant i retlig henseende.
Den administrerende direktør er ansvarlig for:
a)
korrekt udarbejdelse og udførelse af de beslutninger og programmer, som bestyrelsen vedtager
b)
agenturets daglige ledelse
c)
udførelse af de i artikel 12 og 13 nævnte opgaver
d)
udarbejdelse og offentliggørelse af de i artikel 2, litra h), nævnte rapporter
e)
alle personalespørgsmål og arbejdsopgaver som omhandlet i artikel 8, stk. 4 og 5.
Den administrerende direktør indhenter udtalelse fra det i artikel 10 nævnte Videnskabelige Udvalg ved ansættelsen af agenturets videnskabelige medarbejdere.