V čele agentury stojí výkonný ředitel jmenovaný správní radou na návrh Komise na pětileté období, které je obnovitelné.
Výkonný ředitel je zákonným zástupcem agentury.
Výkonný ředitel odpovídá za
a)
řádnou přípravu a provádění rozhodnutí a programů přijatých správní radou;
c)
plnění úkolů uvedených v článcích 12 a 13;
d)
přípravu a zveřejnění zpráv podle čl. 2 písm. h);
e)
všechny otázky týkající se zaměstnanců a za plnění úkolů uvedených v čl. 8 odst. 4 a 5.
Pro účely jmenování vědeckých pracovníků agentury si výkonný ředitel vyžádá stanovisko vědeckého výboru podle článku 10.