Για κάθε καλυπτόμενο ρύπο, το μεταβατικό εθνικό σχέδιο προβλέπει ανώτατο όριο για τις μέγιστες συνολικές ετήσιες εκπομπές για όλες τις μονάδες που καλύπτονται από το σχέδιο βάσει της συνολικής ονομαστικής θερμικής ισχύος, στις 31 Δεκεμβρίου 2010, των πραγματικών ετήσιων ωρών λειτουργίας και της χρήσης καυσίμου κάθε μονάδας των οποίων λαμβάνεται ο μέσος όρος κατά την τελευταία δεκαετία λειτουργίας έως και το 2010.
Το ανώτατο όριο για το έτος 2016 υπολογίζεται βάσει των σχετικών οριακών τιμών εκπομπών που ορίζονται στα Παραρτήματα III έως VΙΙ της οδηγίας 2001/80/ΕΚ ή, κατά περίπτωση, βάσει των ποσοστών αποθείωσης του Παραρτήματος III της οδηγίας 2001/80/ΕΚ. Όσον αφορά τους αεριοστρόβιλους, ισχύουν οι οριακές τιμές εκπομπών οξειδίων του αζώτου, που ορίζονται για τις μονάδες αυτές στο μέρος Β του Παραρτήματος VI της οδηγίας 2001/80/ΕΚ. Το ανώτατο όριο για τα έτη 2019 και 2020 υπολογίζεται βάσει των σχετικών οριακών τιμών εκπομπών που ορίζονται στο μέρος 1 του Παραρτήματος V της παρούσας οδηγίας ή, κατά περίπτωση, βάσει των σχετικών ποσοστών αποθείωσης που ορίζονται στο μέρος 5 του Παραρτήματος V της παρούσας οδηγίας. Τα ανώτατα όρια για τα έτη 2017 και 2018 υπολογίζονται με γραμμική μείωση των ανώτατων ορίων μεταξύ 2016 και 2019.
Όταν μια μονάδα που περιλαμβάνεται στο μεταβατικό εθνικό σχέδιο κλείνει ή δεν εμπίπτει πλέον στο πεδίο εφαρμογής του κεφαλαίου ΙΙΙ, αυτό δεν συνεπάγεται αύξηση των συνολικών ετήσιων εκπομπών από τις υπόλοιπες μονάδες που καλύπτονται από το σχέδιο.