Para cada um dos poluentes que abrange, o plano de transição nacional fixa um limiar que define o total máximo anual das emissões para todas as instalações abrangidas pelo plano, com base na potência térmica nominal total de cada instalação em 31 de Dezembro de 2010, nas suas horas de funcionamento anual efectivo e no combustível por elas utilizado, segundo o valor médio dos 10 últimos anos de funcionamento até 2010, inclusive.
O limiar para o ano de 2016 é calculado com base nos valores-limite de emissão relevantes definidos nos anexos III a VII da Directiva 2001/80/CE ou, se aplicável, com base nas taxas de dessulfurização fixadas no anexo III da Directiva 2001/80/CE. No caso das turbinas a gás, tomam-se por base os valores-limite de emissão para os óxidos de azoto fixados para essas instalações na Parte B do anexo VI da Directiva 2001/80/CE. Os limiares para os anos de 2019 e 2020 são calculados com base nos valores-limite de emissão relevantes fixados na Parte 1 do anexo V da presente directiva ou, quando aplicável, nas taxas de dessulfurização relevantes fixadas na Parte 5 do anexo V da presente directiva. Os limiares para os anos de 2017 e 2018 são fixados prevendo uma diminuição linear dos limiares fixados entre 2016 e 2019.
Sempre que uma instalação incluída no plano de transição nacional for encerrada ou deixar de se encontrar abrangida pelo âmbito de aplicação do capítulo III, esse facto não pode acarretar um aumento das emissões anuais totais provenientes das restantes instalações abrangidas pelo plano.