Urząd przyjmuje własne przepisy bezpieczeństwa równoważne z przepisami bezpieczeństwa Komisji dotyczącymi ochrony informacji niejawnych Unii Europejskiej (EUCI) oraz szczególnie chronionych informacji jawnych, ustanowionymi w decyzji Komisji (UE, Euratom) 2015/443 (
19
) i decyzji (UE, Euratom) 2015/444. Przepisy bezpieczeństwa Urzędu obejmują między innymi przepisy dotyczące wymiany, przetwarzania i przechowywania takich informacji. Rada Wykonawcza przyjmuje przepisy bezpieczeństwa Urzędu po zatwierdzeniu ich przez Komisję.