Każdy przewoźnik lotniczy sporządza, stosuje i utrzymuje w mocy program ochrony przewoźnika lotniczego.
Program ten opisuje metody i procedury, które mają być stosowane przez przewoźnika lotniczego w celu przestrzegania zarówno niniejszego rozporządzenia, jak i krajowego programu ochrony lotnictwa cywilnego państwa członkowskiego, z którego terytorium świadczy on usługi.
Program ten obejmuje również wewnętrzne regulacje dotyczące kontroli jakości opisujące sposób, w jaki przewoźnik lotniczy monitoruje przestrzeganie tych metod i procedur.