4. Každá finanční zpravodajská jednotka musí být provozně nezávislá a samostatná, to znamená, že musí mít pravomoc a schopnost vykonávat své funkce volně, včetně schopnosti samostatně rozhodovat o tom, zda konkrétní informace analyzovat, vyžádat si je a v souladu s odstavcem 3je předat. Nesmí být vystavena nepatřičnému ovlivňování nebo vměšování ze strany politiků, vlády nebo odvětví.
Nachází-li se finanční zpravodajská jednotka v rámci existující struktury jiného orgánu, jsou hlavní funkce finanční zpravodajské jednotky nezávislé a provozně oddělené od ostatních funkcí hostitelského orgánu.