(4) Az egyes pénzügyi információs egységeknek működési szempontból függetlennek és autonómnak kell lenniük, azaz rendelkezniük kell a feladataik szabadon történő ellátásához szükséges hatáskörrel és erőforrásokkal, ideértve annak képességét is, hogy önálló döntéseket hozzanak meghatározott információk elemzésére, igénylésére és a (3) bekezdés szerinti megosztására vonatkozóan. A pénzügyi információs egységnek mindennemű indokolatlan politikai, kormányzati vagy ágazati befolyástól vagy beavatkozástól mentesnek kell lennie.
Amennyiben a pénzügyi információs egység egy másik hatóság meglévő struktúráján belül található, alapvető funkcióinak függetlennek kell lenniük, és működési szempontból el kell különülniük az anyahatóság egyéb funkcióitól.