4. Vsaka FIU je operativno neodvisna in avtonomna, kar pomeni, da je pooblaščena in ima zmogljivost za svobodno opravljanje nalog, vključno z zmožnostjo sprejemanja avtonomnih odločitev o analiziranju, zahtevanju in, v skladu z odstavkom 3, posredovanju posameznih informacij. Politika, vlada ali sektor ne bi smeli neupravičeno vplivati nanje ali se vmešavati vanje.
Kadar ima FIU sedež znotraj obstoječe strukture drugega organa, so njene glavne naloge neodvisne in operativno ločene od drugih nalog organa gostitelja.