4. Každá jednotka FIU je operačne nezávislá a samostatná, čo znamená, že má právomoc a kapacitu na slobodné vykonávanie svojich funkcií vrátane schopnosti prijímať samostatné rozhodnutia o analýze, požadovaní a poskytovaní konkrétnych informácií v súlade s odsekom 3. Nesmie byť vystavená žiadnemu neprimeranému politickému, vládnemu alebo sektorovému ovplyvňovaniu či zasahovaniu.
Ak je jednotka FIU súčasťou existujúcej štruktúry iného orgánu, jej hlavné funkcie musia byť nezávislé a operačne oddelené od ostatných funkcií hostiteľského orgánu.