4. Każda FIU musi być niezależna i autonomiczna pod względem operacyjnym, co oznacza, że musi posiadać uprawnienia i zdolności, by swobodnie wykonywać swoje funkcje, w tym być w stanie podejmować autonomiczne decyzje w zakresie analizowania, żądania i – zgodnie z ust. 3 – przekazywania określonych informacji. Musi być ona wolna od wszelkich nadmiernych wpływów lub ingerencji politycznych, rządowych lub branżowych.
Jeżeli FIU jest zlokalizowana w ramach istniejącej struktury innego organu, podstawowe funkcje FIU muszą być niezależne i operacyjnie oddzielone od pozostałych funkcji organu przyjmującego.