Keskuksen päällikkönä on toiminnanjohtaja, jonka johtokunta nimittää komission ehdotuksesta viisivuotiskaudeksi, joka voidaan uusia.
Toiminnanjohtaja on keskuksen lakimääräinen edustaja.
Toiminnanjohtaja vastaa
a)
johtokunnan hyväksymien päätösten ja ohjelmien asianmukaisesta valmistelusta ja täytäntöönpanosta;
b)
keskuksen päivittäisestä hallinnosta;
c)
12 ja 13 artiklassa määriteltyjen tehtävien toteuttamisesta;
d)
2 artiklan h alakohdassa tarkoitettujen kertomusten valmistelusta ja julkaisemisesta;
e)
kaikista henkilöstöasioista, 8 artiklan 4 ja 5 kohdassa tarkoitettujen tehtävien suorittamisesta.
Keskuksen tieteellisen henkilöstön rekrytointia varten toiminnanjohtajan on hankittava 10 artiklassa tarkoitetun tieteellisen komitean lausunto.