Agentūrai vadovauja vykdantysis direktorius, kurį Komisijos siūlymu penkerių metų kadencijai, kurią galima pratęsti, skiria valdyba.
Vykdantysis direktorius yra teisinis Agentūros atstovas.
Vykdantysis direktorius atsako už:
a)
tinkamą valdybos priimtų sprendimų ir programų rengimą bei įgyvendinimą;
b)
Agentūros kasdieninės veiklos administravimą;
c)
12 ir 13 straipsniuose apibrėžtų užduočių vykdymą;
d)
2 straipsnio h punkte nurodytų ataskaitų rengimą ir skelbimą;
e)
visus su personalu ir su 8 straipsnio 4 ir 5 dalyse nurodytų užduočių vykdymu susijusius klausimus.
Remdamasis 10 straipsnyje nurodyto mokslinio komiteto nuomone, jis įdarbina Agentūros mokslinį personalą.