Na czele Agencji stoi dyrektor wykonawczy, mianowany przez zarząd na wniosek Komisji, na pięcioletni okres, który może być przedłużany.
Dyrektor wykonawczy jest prawnym przedstawicielem Agencji.
Dyrektor wykonawczy jest odpowiedzialny za:
a)
prawidłowe przygotowanie i realizację decyzji oraz programów przyjętych przez zarząd;
b)
bieżące administrowanie Agencją;
c)
wykonywanie zadań określonych w art. 12 i 13;
d)
sporządzanie i publikowanie sprawozdań wymienionych w art. 2 lit. h);
e)
wszystkie sprawy kadrowe, za realizację zadań określonych w art. 8 ust. 4 i 5.
Dokonując naboru pracowników naukowych Agencji, dyrektor zasięga opinii komitetu naukowego, o którym mowa w art. 10.