Aģentūru vada izpilddirektors, kuru pēc Komisijas priekšlikuma ieceļ valde uz piecu gadu termiņu, ko var atjaunot.
Izpilddirektors ir Aģentūras likumīgais pārstāvis.
Viņš atbild par:
a)
valdes pieņemto lēmumu un programmu pareizu sagatavošanu un izpildi;
b)
Aģentūras ikdienas vadību;
c)
12. un 13. pantā noteikto uzdevumu izpildi;
d)
2. panta h) punktā minēto pārskatu sagatavošanu un publicēšanu;
e)
visiem personāla jautājumiem, par 8. panta 4. un 5. punktā minēto uzdevumu izpildi.
Nolūkā komplektēt Aģentūras zinātnisko personālu viņš saņem 10. pantā minētās zinātniskās komitejas atzinumu.