Agentúru vedie výkonný riaditeľ vymenovaný predstavenstvom na návrh Komisie na funkčné obdobie piatich rokov; opätovné vymenovanie je možné.
Výkonný riaditeľ je štatutárnym orgánom agentúry.
Výkonný riaditeľ zodpovedá za:
a)
riadnu prípravu a vykonanie rozhodnutí a programov prijatých predstavenstvom;
b)
každodennú správu agentúry;
c)
plnenie úloh definovaných v článkoch 12 a 13;
d)
prípravu a uverejnenie správ podľa článku 2 písm. h);
e)
všetky personálne záležitosti, za plnenie úloh uvedených v článku 8 ods. 4 a 5.
Na účely prijímania vedeckých pracovníkov do agentúry si vyžiada stanovisko vedeckého výboru podľa článku 10.