Agencijo vodi izvršni direktor, ki ga na predlog Komisije imenuje upravni odbor za dobo petih let z možnostjo ponovitve.
Izvršni direktor je zakoniti zastopnik Agencije.
Izvršni direktor je odgovoren za:
(a)
pravilno pripravo in izvajanje odločitev in programov, ki jih sprejme upravni odbor;
(b)
vsakodnevno upravljanje Agencije;
(c)
opravljanje nalog, opredeljenih v členih 12 in 13;
(d)
pripravo in objavo poročil, navedenih v členu 2(h);
(e)
vse kadrovske zadeve in opravljanje nalog iz člena 8(4) in (5).
Za namene zaposlovanja znanstvenega osebja Agencije pridobi mnenje znanstvenega odbora iz člena 10.