3. Kansallisten valvontaviranomaisten on oltava organisatorisesti, hierarkkisesti ja päätöksenteon kannalta riippumattomia kaikista lennonvarmistuspalvelun tarjoajista, ja niiden on oltava joko oikeudellisesti tai toiminnallisesti erillisiä lennonvarmistuspalvelun tarjoajista, sanotun kuitenkaan rajoittamatta 1 kohdan soveltamista. Lisäksi lennonvarmistuspalvelun tarjoajilla ei saa olla päätösvaltaa kansallisten valvontaviranomaisten talousarviovarojen jakamisen osalta. Edellyttäen, että riippumattomuus taataan, kansallinen valvontaviranomainen voi olla osa samaa kansallista ministeriötä tai hallintoa kuin lennonvarmistuspalvelun tarjoaja.