3. Nedarant poveikio 1 daliai, nacionalinės priežiūros institucijos turi būti nepriklausomos nuo oro navigacijos paslaugų teikėjų organizaciniu, hierarchiniu ir sprendimų priėmimo lygmenimis ir nuo jų turi būti atskirtos teisiškai arba funkciniu lygmeniu. Be to, oro navigacijos paslaugų teikėjai neturi turėti jokių įgaliojimų priimti sprendimus dėl lėšų skyrimo nacionalinės priežiūros institucijų biudžetams. Jei toks nepriklausomumas užtikrinamas, nacionalinė priežiūros institucija gali priklausyti tai pačiai nacionalinei ministerijai ar administracijai kaip ir oro navigacijos paslaugų teikėjas.