3. Brez poseganja v odstavek 1 so nacionalni nadzorni organi neodvisni od vseh izvajalcev navigacijskih služb zračnega prometa, kar zadeva njihovo organizacijo, hierarhijo in odločanje, ter so bodisi pravno bodisi funkcionalno ločeni od izvajalcev navigacijskih služb zračnega prometa. Izvajalci navigacijskih služb zračnega prometa poleg tega nimajo pristojnosti odločanja o dodeljevanju proračunskih sredstev nacionalnih nadzornih organov. Pod pogojem, da je taka neodvisnost zagotovljena, je lahko nacionalni nadzorni organ del istega nacionalnega ministrstva ali administracije kot izvajalec navigacijskih služb zračnega prometa.