2. Τα συστήματα πιστοποίησης λειτουργούν κατά τρόπο ανεξάρτητο βάσει αξιόπιστων και διαφανών κανόνων και διαδικασιών, ιδίως όσον αφορά την εσωτερική διαχείριση και παρακολούθηση, τον χειρισμό καταγγελιών και προσφυγών, τη διαβούλευση με τα ενδιαφερόμενα μέρη, τη διαφάνεια και τη δημοσίευση πληροφοριών, τον ορισμό και την κατάρτιση των οργανισμών πιστοποίησης, την αντιμετώπιση ζητημάτων μη συμμόρφωσης, την ανάπτυξη και διαχείριση μητρώων πιστοποιήσεων.
Τα συστήματα πιστοποίησης καθορίζουν τέλη που χαρακτηρίζονται από διαφάνεια και καθιστούν τις πληροφορίες σχετικά με τα εν λόγω τέλη εύκολα προσβάσιμες στους φορείς εκμετάλλευσης, μεταξύ άλλων με τη δημοσίευσή τους στους ιστοτόπους τους.
Τα συστήματα πιστοποίησης θεσπίζουν εύκολα προσβάσιμες διαδικασίες υποβολής καταγγελιών και προσφυγών. Οι πληροφορίες σχετικά με τις εν λόγω διαδικασίες δημοσιοποιούνται στο μητρώο πιστοποιήσεων ή, μετά τη δημιουργία του, στο ενωσιακό μητρώο.