4. Formandskabet for Rådet for et Interoperabelt Europa varetages af Kommissionen. Formanden kan give observatørstatus i Rådet for et Interoperabelt Europa til eksperter udpeget af EU-enheder, regioner, organisationer og kandidatlande. Formanden kan på ad hoc-basis indbyde eksperter med særlig kompetence til at deltage i et punkt på dagsordenen. Kommissionen varetager sekretariatet for Rådet for et Interoperabelt Europa.
Medlemmerne af Rådet for et Interoperabelt Europa bestræber sig så vidt muligt på at vedtage afgørelser ved konsensus. I tilfælde af afstemning vedtages afgørelsen med simpelt flertal blandt medlemmerne. Medlemmer, der har stemt imod et forslag eller undladt at stemme, har ret til at få knyttet et dokument, der sammenfatter begrundelsen for deres holdning, som bilag til udtalelserne, henstillingerne eller rapporterne.