4. Radzie ds. Interoperacyjnej Europy przewodniczy Komisja. Przewodniczący może przyznać status obserwatora w Radzie ds. Interoperacyjnej Europy ekspertom wyznaczonym przez unijne podmioty, regiony i organizacje oraz kraje kandydujące. Przewodniczący może zapraszać do udziału na zasadzie ad hoc ekspertów posiadających szczególne kompetencje w zakresie tematu ujętego w porządku obrad. Komisja zapewnia obsługę sekretariatu Rady ds. Interoperacyjnej Europy.
Członkowie Rady ds. Interoperacyjnej Europy dokładają wszelkich starań, aby decyzje były przyjmowane w drodze konsensusu. W przypadku gdy ma miejsce głosowanie, jego wynik rozstrzygany jest zwykłą większością głosów członków wchodzących w skład Rady ds. Interoperacyjnej Europy. Członkowie, którzy zagłosowali przeciwko propozycji lub którzy wstrzymali się od głosu, mają prawo do załączenia dokumentu streszczającego uzasadnienie ich stanowiska do opinii, zaleceń lub sprawozdań.