La Agencia tendrá un consejo de administración compuesto por un representante de cada Estado miembro y por dos representantes de la Comisión. Además, podrá haber un representante de cada uno de los demás países que forman parte de la Agencia, de conformidad con las disposiciones correspondientes.
Además, el Parlamento Europeo nombrará como miembros del consejo de administración a dos personalidades científicas con especiales cualificaciones en materia de protección del medio ambiente, que se elegirán sobre la base de la contribución personal que puedan aportar a los trabajos de la Agencia.
Cada miembro del consejo de administración podrá hacerse sustituir por un miembro suplente.