L-Aġenzija għandha jkollha Bord ta’ Mmaniġġjar li jikkonsisti minn rappreżentant wieħed ta’ kull Stat Membru u żewġ rappreżentanti mill-Kummissjoni. Barra minn hekk, jista’ jkun hemm ukoll rappreżentant wieħed għal kull pajjiż li jipparteċipa fl-Aġenzija, bi qbil mad-dispożizzjonijiet relevanti.
Barra minn hekk, il-Parlament Ewropew jista’ jaħtar, bħala membri fil-Bord ta’ Mmaniġġjar, żewġ personalitajiet xjentifiċi kwalifikati partikolarment fil-qasam tal-protezzjoni tal-ambjent, li għandhom jiġu magħżula fuq il-bażi tal-kontribuzzjoni personali li huma aktarx li jagħtu lix-xogħol tal-Aġenzija.
Kull membru tal-Bord ta’ Mmaniġġjar jista’ jkun irrappreżentat minn membru alternattiv.