Agencija ima upravni odbor, ki ga sestavljajo po en predstavnik vsake države članice in dva predstavnika Komisije. Poleg tega je v skladu z ustreznimi določbami v njem lahko še po en predstavnik vsake druge države, ki sodeluje v Agenciji.
Poleg tega Evropski parlament za člana upravnega odbora imenuje dva znanstvenika s posebnimi kvalifikacijami na okoljevarstvenem področju, ki se izbereta na podlagi predvidenega osebnega prispevka k delu Agencije.
Vsakega člana upravnega odbora lahko zastopa nadomestni član.