Agentúra má predstavenstvo, ktoré pozostáva z jedného zástupcu každého členského štátu a dvoch zástupcov Komisie. Okrem toho v predstavenstve môže byť jeden zástupca z každej inej krajiny zúčastnenej v agentúre v súlade s príslušnými ustanoveniami.
Okrem toho Európsky parlament určí ako členov predstavenstva dve vedecké osobnosti, osobitne kvalifikované v oblasti ochrany životného prostredia, ktoré sa vyberú podľa ich pravdepodobného osobného prínosu k práci agentúry.
Každého člena predstavenstva môže zastupovať náhradník.