Het Agentschap heeft een raad van bestuur bestaande uit één vertegenwoordiger van iedere lidstaat en twee vertegenwoordigers van de Commissie. Bovendien kan er een vertegenwoordiger zijn van ieder ander land dat deelneemt aan het Agentschap, overeenkomstig de toepasselijke bepalingen.
Voorts wijst het Europees Parlement als leden van de raad van bestuur twee vooraanstaande wetenschappers aan, die vooral deskundig zijn op het gebied van de milieubescherming en die op grond van de van hen te verwachten persoonlijke bijdrage tot de werkzaamheden van het Agentschap worden gekozen.
Elk lid van de raad van bestuur kan zich door een plaatsvervangend lid doen vervangen.