Byrån ska ha en styrelse bestående av en företrädare för varje medlemsstat och två företrädare för kommissionen. Dessutom kan det ingå en företrädare från varje annat land som deltar i byrån i enlighet med relevanta bestämmelser.
Dessutom ska Europaparlamentet utse två vetenskapsmän med särskilda kvalifikationer på miljöskyddsområdet till styrelseledamöter; dessa personer ska väljas på grundval av det personliga bidrag de förväntas lämna till byråns arbete.
Varje styrelseledamot får företrädas av en suppleant.