L’Agenzia ha un consiglio di amministrazione composto da un rappresentante di ogni Stato membro e da due rappresentanti della Commissione. Ci può essere inoltre un rappresentante di ciascun altro paese che partecipi all’Agenzia in base alle disposizioni pertinenti.
Inoltre il Parlamento europeo designerà come membri del consiglio di amministrazione due personalità del mondo scientifico particolarmente qualificate nel settore della protezione dell’ambiente, scelte in base al contributo che saranno in grado di dare all’attività dell’Agenzia.
Ogni membro del consiglio di amministrazione può farsi sostituire da un membro supplente.