L’Agence a un conseil d’administration composé d’un représentant de chaque État membre et de deux représentants de la Commission. Il peut, en outre, y avoir un représentant de chaque autre pays participant à l’Agence, conformément aux dispositions pertinentes.
En outre, le Parlement européen désigne, en tant que membres du conseil d’administration, deux personnalités scientifiques particulièrement qualifiées dans le domaine de la protection de l’environnement, qui sont choisies sur la base de la contribution personnelle qu’ils sont susceptibles d’apporter aux travaux de l’Agence.
Chaque membre du conseil d’administration peut se faire remplacer par un membre suppléant.