Agencja posiada zarząd składający się z jednego przedstawiciela z każdego państwa członkowskiego i dwóch przedstawicieli Komisji. Ponadto każde inne państwo, które uczestniczy w Agencji, zgodnie z odnośnymi postanowieniami, może mieć jednego przedstawiciela.
Ponadto Parlament Europejski desygnuje na członków zarządu dwóch wybitnych naukowców posiadających szczególne kwalifikacje w dziedzinie ochrony środowiska, którzy są wybierani na podstawie osobistego wkładu, jaki mogą wnieść w pracę Agencji.
Każdy członek zarządu może być reprezentowany przez członka zastępującego.