O Conselho de Administração da Agência é composto por um representante de cada Estado-Membro e por dois representantes da Comissão. Pode também incluir um representante de cada um dos outros países que participe na Agência, de acordo com as disposições pertinentes.
O Parlamento Europeu indigita para o cargo de membro do Conselho de Administração duas personalidades científicas especialmente qualificadas no domínio da protecção do ambiente, que serão escolhidas com base na contribuição pessoal que possam dar aos trabalhos da Agência.
Cada membro do Conselho de Administração pode fazer-se representar por um suplente.